0.5 声子软件安装

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Anaconda安装

  1. Anaconda-Linux版本安装包 【包含了phonopy安装所需的依赖包】
    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
    https://www.anaconda.com/download/

  2. 将下载的准备文件上传到Linux系统
    cd 到Anaconda文件的目录下，赋予权限，运行下列命令
    sh [Anaconda文件名]
    例如：
    sh Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh

    没什么特殊要求的话，之后一路回车即可安装成功。

    输入conda list 如果显示已安装的包名和版本号便已安装成功。

  3. 修改配置:
    输入vi ~/.bashrc （配置python环境）
    在配置文件末尾中加入下列语句（引号内的路径更换为自己的相对应路径即可）
    export PATH=”/路径/anaconda3/bin:$PATH”

    添加后保存退出，运行 source ~/.bashrc 使配置生效

命令终端输入 python 如果出现python版本号则配置成功，输入 exit() 即可退出python命令模式。

adaconda使用介绍：

1 管理conda
(1) 检查conda
conda –version     Conda会返回你安装Anaconda软件的版本。

(2) 升级conda
conda update conda     Conda会检查可升级版本，并同时显示可升级的包。

2 管理运行环境
(1) 创建新运行环境
conda create –name snowflakes biopython     创建名为snowflakes的新运行环境，其中包含包biopython

(2) 激活新运行环境
Windows: activate snowflakes
Linux and macOS: source activate snowflakes
(3) 查看所有运行环境
conda info –envs     查看所有运行环境

base /home/username/Anaconda3
snowflakes * /home/username/Anaconda3/envs/snowflakes
当前激活的运行环境有且只有一个，且前面有星号(*)

(4) 查看当前运行环境
conda info -envis
当前运行环境会显示在括号中：(snowflakes)

(5) 修改当前运行环境为非激活状态
Windows: deactivate
Linux and macOS: source deactivate
(6) 复制运行环境
conda create -n flowers –clone snowflakes

(7)删除运行环境
conda remove -n flowers –all
删除运行环境之后可以通过命令查看运行环境是否删除： conda info -e

3 管理Python
(1) 创建包含Python运行的新运行环境
conda create –name snakes python=3.5 创建名为snakes并包含Python3.5的新运行环境

(2) 激活新运行环境
Windows: activate snakes
Linux and macOS: source activate snakes
(3) 查看所有运行环境
conda info –envs     查看所有运行环境

base /home/username/Anaconda3
snakes * /home/username/anaconda3/envs/snakes
snowflakes /home/username/Anaconda3/envs/snowflakes
当前激活的运行环境有且只有一个，且前面有星号(*)

(4) 查看当前运行环境
conda info -envis 或者 conda info -e
当前运行环境会显示在括号中：(snakes)

(5) 查看Python版本
pyhton –version

(6) 修改当前运行环境为非激活状态
Windows: deactivate
Linux and macOS: source deactivate
4 管理包
(1) 查看已安装包
conda list

(2) 安装指定包到当前运行环境
conda install beautifulsoup4

(3) 查找可安装包
conda search beautifulsoup4

(4) 移除包
conda remove -n beautifulsoup4 –all

作者：ZHOUZAIHUI
链接：https://www.jianshu.com/p/6e4c045a12a1

Phonopy安装

  1. 下载phonopy：https://pypi.org/project/phonopy/#files

  2. 上传解压：tar -xzvf phonopy-2.17.0.tar.gz //解压phonopy文件

  3. cd phonopy-2.17.0
    python setup.py install 安装phonopy
    安装完成后在命令端输入： phonopy 如果出现如下图案则安装成功
    0201

    Installed /home/hptem001/intel/oneapi/intelpython/python3.7/lib/python3.7/site-packages/phonopy-2.21.0-py3.7-linux-x86_64.egg

Processing dependencies for phonopy==2.21.0
Searching for spglib>=2.0
Reading https://pypi.org/simple/spglib/

出现报错：查看phonopy2.21说明依赖要求

  • python>=3.8
  • numpy>=1.17.0
  • PyYAML>=5.3
  • matplotlib>=2.2.2
  • h5py>=3.0
  • spglib>=2.0
  • scipy (optional)
  • seekpath (optional)

需要h5py>=3.0 、spglib>=2.0，
在这里对于类似安装都有三种：

  • 可以联网：pip install spglib或者spglib-2.2.0

  • 不能联网已安装python：
    下载：https://pypi.org/project/spglib/#modal-close 二进制文件，由于python3.7，所以选择CP37。
    pip install spglib-2.2.0-cp37-cp37m-manylinux_2_17_x86_64.whl

  • 不能联网已安装python：
    下载压缩包解压，同样安装python setup.py install。

  • 我在安装h5py老是报错，
    0202

    安装cached-property。

https://pypi.org/project/cached-property/1.5.2/#files

再安装h5py即可。

thirdorder安装

  1. 下载：https://drive.google.com/file/d/1N7bwTFwsP75Dw4FH0O-2DEodE7TVw2ub/view
  2. 解压完之后进入文件夹修改setup.py文件
    主要给出spglib的INCLUDE_DIRS和LIBRARY_DIRS即include和lib64文件夹的路径.
  3. 修改完成后运行python setup.py install

ShengBTE安装

  1. 下载：https://drive.google.com/file/d/1Kur3BviQjEby34j0yxbkMF45ADJf2U0J/view

  2. 解压完进入文件夹cp arch.make.example arch.make
    修改前：0203
    修改后：0204

  3. 在Src文件夹内执行命令make

  4. 测试：mpirun -np 16 ShengBTE 2>BTE.err >BTE.out

  5. 添加环境变量：

    vim ~/.bashrc

    #加入如下命令
    export PATH=/$dir/src:$PATH #$dir：ShengBTE文件夹路径

#保存退出

source ~/.bashrc