Lightchaser

三人行，必有我师

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Anaconda安装

  1. Anaconda-Linux版本安装包 【包含了phonopy安装所需的依赖包】
    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
    https://www.anaconda.com/download/

  2. 将下载的准备文件上传到Linux系统
    cd 到Anaconda文件的目录下，赋予权限，运行下列命令
    sh [Anaconda文件名]
    例如：
    sh Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh

    没什么特殊要求的话，之后一路回车即可安装成功。

    输入conda list 如果显示已安装的包名和版本号便已安装成功。

  3. 修改配置:
    输入vi ~/.bashrc （配置python环境）
    在配置文件末尾中加入下列语句（引号内的路径更换为自己的相对应路径即可）
    export PATH=”/路径/anaconda3/bin:$PATH”

    添加后保存退出，运行 source ~/.bashrc 使配置生效

命令终端输入 python 如果出现python版本号则配置成功，输入 exit() 即可退出python命令模式。

adaconda使用介绍：

1 管理conda
(1) 检查conda
conda –version     Conda会返回你安装Anaconda软件的版本。

(2) 升级conda
conda update conda     Conda会检查可升级版本，并同时显示可升级的包。

2 管理运行环境
(1) 创建新运行环境
conda create –name snowflakes biopython     创建名为snowflakes的新运行环境，其中包含包biopython

(2) 激活新运行环境
Windows: activate snowflakes
Linux and macOS: source activate snowflakes
(3) 查看所有运行环境
conda info –envs     查看所有运行环境

base /home/username/Anaconda3
snowflakes * /home/username/Anaconda3/envs/snowflakes
当前激活的运行环境有且只有一个，且前面有星号(*)

(4) 查看当前运行环境
conda info -envis
当前运行环境会显示在括号中：(snowflakes)

(5) 修改当前运行环境为非激活状态
Windows: deactivate
Linux and macOS: source deactivate
(6) 复制运行环境
conda create -n flowers –clone snowflakes

(7)删除运行环境
conda remove -n flowers –all
删除运行环境之后可以通过命令查看运行环境是否删除： conda info -e

3 管理Python
(1) 创建包含Python运行的新运行环境
conda create –name snakes python=3.5 创建名为snakes并包含Python3.5的新运行环境

(2) 激活新运行环境
Windows: activate snakes
Linux and macOS: source activate snakes
(3) 查看所有运行环境
conda info –envs     查看所有运行环境

base /home/username/Anaconda3
snakes * /home/username/anaconda3/envs/snakes
snowflakes /home/username/Anaconda3/envs/snowflakes
当前激活的运行环境有且只有一个，且前面有星号(*)

(4) 查看当前运行环境
conda info -envis 或者 conda info -e
当前运行环境会显示在括号中：(snakes)

(5) 查看Python版本
pyhton –version

(6) 修改当前运行环境为非激活状态
Windows: deactivate
Linux and macOS: source deactivate
4 管理包
(1) 查看已安装包
conda list

(2) 安装指定包到当前运行环境
conda install beautifulsoup4

(3) 查找可安装包
conda search beautifulsoup4

(4) 移除包
conda remove -n beautifulsoup4 –all

作者：ZHOUZAIHUI
链接：https://www.jianshu.com/p/6e4c045a12a1

Phonopy安装

  1. 下载phonopy：https://pypi.org/project/phonopy/#files

  2. 上传解压：tar -xzvf phonopy-2.17.0.tar.gz //解压phonopy文件

  3. cd phonopy-2.17.0
    python setup.py install 安装phonopy
    安装完成后在命令端输入： phonopy 如果出现如下图案则安装成功
    0201

    Installed /home/hptem001/intel/oneapi/intelpython/python3.7/lib/python3.7/site-packages/phonopy-2.21.0-py3.7-linux-x86_64.egg

Processing dependencies for phonopy==2.21.0
Searching for spglib>=2.0
Reading https://pypi.org/simple/spglib/

出现报错：查看phonopy2.21说明依赖要求

  • python>=3.8
  • numpy>=1.17.0
  • PyYAML>=5.3
  • matplotlib>=2.2.2
  • h5py>=3.0
  • spglib>=2.0
  • scipy (optional)
  • seekpath (optional)

需要h5py>=3.0 、spglib>=2.0，
在这里对于类似安装都有三种：

  • 可以联网：pip install spglib或者spglib-2.2.0

  • 不能联网已安装python：
    下载：https://pypi.org/project/spglib/#modal-close 二进制文件，由于python3.7，所以选择CP37。
    pip install spglib-2.2.0-cp37-cp37m-manylinux_2_17_x86_64.whl

  • 不能联网已安装python：
    下载压缩包解压，同样安装python setup.py install。

  • 我在安装h5py老是报错，
    0202

    安装cached-property。

https://pypi.org/project/cached-property/1.5.2/#files

再安装h5py即可。

thirdorder安装

  1. 下载：https://drive.google.com/file/d/1N7bwTFwsP75Dw4FH0O-2DEodE7TVw2ub/view
  2. 解压完之后进入文件夹修改setup.py文件
    主要给出spglib的INCLUDE_DIRS和LIBRARY_DIRS即include和lib64文件夹的路径.
  3. 修改完成后运行python setup.py install

ShengBTE安装

  1. 下载：https://drive.google.com/file/d/1Kur3BviQjEby34j0yxbkMF45ADJf2U0J/view

  2. 解压完进入文件夹cp arch.make.example arch.make
    修改前：0203
    修改后：0204

  3. 在Src文件夹内执行命令make

  4. 测试：mpirun -np 16 ShengBTE 2>BTE.err >BTE.out

  5. 添加环境变量：

    vim ~/.bashrc

    #加入如下命令
    export PATH=/$dir/src:$PATH #$dir：ShengBTE文件夹路径

#保存退出

source ~/.bashrc

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系统安装

一、下载centos镜像

centos官方：https://vault.centos.org/ 清华镜像源下载https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/
常用的镜像文件类型介绍：
DVD ISO：普通光盘完整安装版镜像，可离线安装到计算机硬盘上，包含大量的常用软件（一般选择这种jing）。
Everything ISO：包含了完整安装版的内容，并对其进行补充，集成了所有软件。
Minimal ISO：这个版本为精简版的镜像，可以安装一个基本的CentOS系 统，包含了可启动系统基本所需的最小安装包。
Netinstal：在线安装版本，启动后需要联网边下载边安装。

二、制作centos安装盘-u盘

  • 这里推荐rufus:https://rufus.ie/downloads/
    无需安装，如图0101

    “引导类型选择”选择镜像文件，选择下载好的ISO文件，开始即可。

  • 用软碟通打开镜像，然后选择 “ 启动”再选择 “写入硬盘映像” ，再选择自己的u盘之后，再选写入。注意：Windows系统限制了LABEL的长度为11，多出的部分被截断了，所以导致U盘的LABEL只有“CentOS 7 x8”11位(实际为CentOS 7 x86_64)。
    0102

  • u盘格式

    1、FAT32格式：

这一种格式是任何USB存储设备都会预装的文件系统，属Windows平台的传统文件格式，兼容性很好。但是呢，“上帝”还是公平的，给你开了这一扇窗，必然会关上另一扇门。即便FAT32格式兼容性好，但它不支持4GB以上的文件，因此对于很多镜像文件或大视频文件之类的也会有无可奈何的状况。
一句话概括：FAT32格式兼容性好，但不支持4GB以上的文件
2、NTFS格式：
前面说到FAT32格式是Windows平台的传统文件格式，而NTFS格式却是Windows平台应用最广泛的文件格式。它的优点在于能够支持大容量文件和超大分区，且集合了很多高级的技术，其中包括长文件名、压缩分区、数据保护和恢复等等的功能。但人无完人，任何事物也相同，那NTFS格式又差在哪了呢？差就差在它会减短闪存的寿命。为什么？大家是否知道NTFS格式是针对机械硬盘设计的，它会对硬盘的读写操作做详细的记录，而闪存储存芯片的读写次数是有限的，若使用该格式就会让闪存造成很大的负担和伤害。易受伤的人心碎了还能长长久久吗？更何况是U盘呢！
一句话概括：NTFS格式支持大容量文件和超大分区，但对闪盘芯片有伤害
3、exFAT格式
虽然说到FAT32是传统文件格式，NTFS又是最广泛的，但老毛桃可以告诉大家：exFAT格式才是最适合U盘的文件格式，它是微软为了闪存设备特地设计的文件系统，是U盘等移动设备最好的选择之一。注意：SSD和U盘同为闪存，但SSD还是用NTFS格式为好！
exFAT格式的优点在于它能够增强台式机或笔记本和移动设备之间的互操作能力、同目录下最多65536个文件，且支持访问控制，还有的就是剩余空间分配表改善空间分配行。一句话概括：exFAT格式是最适合U盘的
在linux系统下centos支持VFAT格式和FAT32格式的U盘，而且VFAT是Windows和LINUX系统都可以使用的格式。如果U盘是NTFS格式的，而又不想切换格式，那么就需装个NTFS-3G的包就可以支持NTFS。

在U盘重装系统时，我们首要的便是制作一个U盘启动盘，经常捣鼓系统的伙伴们大都知道，制作前我们需要选择U盘的模式和格式，其中模式分为2种：USB-HDD和USB-ZIP;格式分为3种，也就是上述说到的。
USB-HDD模式： USB-HDD硬盘仿真模式，此模式兼容性很高，适用于新机型，但对于一些只支持USB-ZIP模式的电脑则无法启动，一般制作U盘启动盘选择该模式。
USB-ZIP模式：大容量软盘仿真模式，此模式在一些比较老的电脑上是唯一可选的模式，但对大部分新电脑来说兼容性不好，特别是2GB以上的大容量U盘。

三、u盘安装操作系统

BIOS设置问题：

U盘启动盘有分两种的，一个是legacy启动U盘，这种启动盘不能在UEFI模式下启动。另一种是UEFI启动盘，这种就可以直接在UEFI模式下识别到。
解决方法：
1、 开机不停按Del键（也可能是其他：F2、F12、esc等），进入BIOS。
2、 进入BIOS后，通过左右方向键切换到boot选项，设置Secure Boot为Disabled（禁用），表示关闭安全引导。
3、 将U盘启动改为第一个，方法是将其上面的选项键盘输入-号，一直到U盘启动到第一个；选中enter。
4、 最后按下F10保存设置退出，开机时再按U盘启动快捷键就可以识别到U盘启动盘了。

其他原因：

1、 U盘启动盘制作失败了，需要重新制作一遍启动盘。用软碟通容易失败，推荐Rufus。

2、 USB接口接触不良，可以换几个接口尝试。

3、安装dracut报错解决方法：安装后进入了dracut:/#模式
（1）.查看你的U盘名称:
dracut:/# cd /dev
dracut:/# ls
ls然后找到sda 是硬盘对应的文件名，sdb是U盘对应的文件名，可以看到是sdb4（”4”也有可能是别的数字,视情况而定）。
（2）.修改路径:
至此重启一下，回到U盘启动第一界面安装行处，然后按下Tab键(如果不行按’e’键)，将
vmlinuz initrd=initrd.img inst.stage2=hd:LABEL=RHEL-server-7.0-x86_64-LinuxProbe.Com.iso quiet改为(注意最后面的“quiet”切勿删除):
vmlinuz initrd=initrd.img inst.stage2=hd:/dev/sdb4 quiet然后，如果是Tab按下enter键进入安装界面，就可以顺利开始安装了。如果上面按的是’e’键就需要按ctrl+x进入安装界面，就可以顺利开始安装了

安装系统

如果重启重新进入安装选项，只需进入boot将hard设为第一即可。

1、首先会进入语言地区设置，按照习惯即可。后面进入安装界面。

2、选择软件-软件选择(S)，选择如图。

安装centos不进入桌面

1
2
3
yum  groupinstall  -y  "GNOME Desktop"
reboot now
Startx

3、选择安装位置(D)进入分区。
Linux分区：顺序（主要是boot swap /）

  • boot 分区（因为boot是引导启动的分区，所以分区的时候必须先分boot，通常设置大小为200M 空间足够300 - 500M）
  • *swap（缓存分区，通常设置大小为1G 通常是物理内存大小的2倍，比如你电脑是4G的物理内存，swap分区可以是8G）
  • / （根分区）
  • /home分区 （最大） 安装完成后登录，通过命令：df -h 查看分区
    也可以使用lsblk查看，更直观.
    下面是基本的命名方案:
    第一个软盘驱动器命名为/dev/fd0第二个软驱命名为/dev/fd1.
    检测到的第一个硬盘名为/dev/sda。检测到的第二块硬盘命名为/dev/sdb，以此类推。
    第一个SCSI CD-ROM命名为/dev/scd0，也称为/dev/sr0。
    每个SCSI磁盘上的分区通过在磁盘名后面加上一个十进制数字表示：sda1和sda2表示系统中第一个SCSI磁盘驱动器的第一个和第二个分区。
    假设你有一个有2个SCSI磁盘的系统，一个在SCSI地址2，另一个在SCSI地址4。第一个磁盘(地址2)被命名为sda，第二个磁盘被命名为sdb。如果sda驱动器上有3个分区，这些分区将被命名为sda1、sda2和sda3。这同样适用于sdb磁盘及其分区。
    主分区：也叫引导分区，最多可能创建4个，当创建四个主分区时候，就无法再创建扩展分区了，当然也就没有逻辑分区了。主分区是独立的，对应磁盘上的第一个分区，“一般”就是C盘。在Windows系统把所有的主分区和逻辑分区都叫做“盘”或者“驱动器”，并且把所有的可存储介质都显示为操作系统的“盘”。因此，从“盘”的概念上无法区分主分区和逻辑分区。并且盘符可以在操作系统中修改，这就是要加上“一般”二字的原因。
    扩展分区：除了主分区外，剩余的磁盘空间就是扩展分区了，扩展分区可以没有，最多1个。严格地讲它不是一个实际意义的分区，它仅仅是一个指向下一个分区的指针，这种指针结构将形成一个单向链表。这样在主引导扇区中除了主分区外，仅需要存储一个被称为扩展分区的分区数据，通过这个扩展分区的数据可以找到下一个分区(实际上也就是下一个逻辑磁盘)的起始位置，以此起始位置类推可以找到所有的分区。无论系统中建立多少个逻辑磁盘，在主引导扇区中通过一个扩展分区的参数就可以逐个找到每一个逻辑磁盘。
    逻辑分区：在扩展分区上面，可以创建多个逻辑分区。逻辑分区相当于一块存储截止，和操作系统还有别的逻辑分区、主分区没有什么关系，是“独立的”。
    硬盘的容量＝主分区的容量＋扩展分区的容量（硬盘=C盘+X）
    扩展分区的容量＝各个逻辑分区的容量之和（X=D盘+E盘+F盘）

4、开始安装。此时会进入这个界面。同时完成1/2步骤，牢记密码。等待安装完成重启。

5、登录账户，设置网络即可。

/usr/bin/xauth: file /home/user/.Xauthority does not exist
错误原因:
是因为添加用户时没有授权对应的目录，仅仅执行了useradd user而没有授权对应的家目录

chown username:username -R /home/user_dir
例如本机：

然后继续登录
发现可以登录了
但是不显示用户名和路径
查看**/etc/passwd文件后发现，新建的用户未指定shell。我们只需将其指定为/bin/bash**即可。
Solution：在root用户下
usermod -s /bin/bash name
然后继续登录，就ok了。

总结：

1.首先，备份您的重要数据。
2.下载 CentOS 7 的安装镜像。您可以从 CentOs 官方网站上下载适用于您的计算机架构的镜像文件。
3.创建一个启动盘，将下载的镜像文件写入到 USB 设备或 DVD 上，以便用于安装过程，您可以使用工具如 Rufus 或 Etcher 来创建启动盘。UltraIso软件。
“Ultraiso根据镜像名为u盘命名盘符名称，默认的镜像名太长，将会导致Centos在装机时，无法定位到镜像，从而导致安装失败，出现drauct错误”。
4.将启动盘插入计算机并重启。在计算机启动时，进入 BIOS 设置界面，并将启动优先级设置为 USB 设备或 DVD.
5.选择安装选项。在 CentoS 安装程序启动后，按照屏幕上的指示选择合适的语言、键盘布局和时区。
6.分区和磁盘设置。根据需要配置磁盘分区和文件系统。您可以选择手动分区或使用默认选项。boot分区：是引导分区；作用：系统启动，在boot分区存放着grub，内核文件等，一般200M就够了。swap交换分区：内存扩展分区；交换分区给多大？ 一般做多：8G，16G，如果系统使用到了swap分区，就直接添加物理内存或排查一下服务器有没有被黑。/ 根：所有文件的根，绝对路径的开始标志。
7.设置网络和主机名。为您的计算机设置网络连接和主机名。
8.选择软件包组件。根据您的需求选择要安装的软件包组件。可以选择最小化安装或自定义安装。安装桌面勾选GUI和GNOME两个。关闭kdump。安全策略使用默认。
9.设置管理员密码。为 root 用户设置安全容码
10.开始安装。确认所有设置后，开始安装 CentOS 7 系统
11.完成安装。安装完成后，您可以重新启动计算机，并开始使用新安装的 CentOS 7 系统请注意，重新安装系统可能会导致数据丢失，请谨慎操作并确保提前进行数据备份

安装编译器

  • 下载官方Get the Toolkits: https://www.intel.com/content/www/us/en/developer/tools/oneapi/toolkits.html
    下载base和HPC，上传到服务器上。
  • 赋予权限：
    chmod +x l_*.sh
  • 选择IDE即可，避免出错。需要预留30g左右的磁盘空间，否则会安装失败。sh ./l_Base*.sh sh ./l_HPC*.sh
  • 默认安装位置：
    如果使用sudo安装的话，默认路径是/opt/intel/oneapi/
    如果使用普通用户权限安装的话，默认路径是~/intel/oneapi/
  • 添加环境：vim ~/.bashrc,添加
    如果使用sudo安装的话，是source /opt/intel/oneapi/setvars.sh >/dev/null
    如果使用普通用户权限安装的话，默认路径是source ~/intel/oneapi/setvars.sh >/dev/null

保存退出

安装vasp

1
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7
tar -xzvf vasp.6.3.0.tgz
cd vasp.6.3.0
cp arch/makefile.include.intel makefile.include
vim makefile.include
注释掉 MKLROOT    ?= /path/to/your/mkl/installation
保存退出
make all或者make std gam ncl

成功后添加环境变量：vim ~/.bashrc
export PATH=/home/hptem001/bin/vasp.6.3.0/bin:$PATH
保存退出

安装vaspkit1.4

tar -xzvf vaspkit.1.4.1.linux.x64.tar.gz
cd vaspkit.1.4.1
sh setup.sh
查看cat ~/.bashrc
有没有export PATH=/home/hptem001/bin/vaspkit.1.4.1/bin:${PATH}
或者直接终端输入：vaspkit看是否有输出。
安装成功。
vim ~/.vaspkit
更改赝势路径以自动输出POTCAR
更改其他可参考：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/649806633 自动画图
http://vaspkit.cn/index.php/17.html 能带插值

保存退出。

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虚拟机VMware安装（Windows用户）

VMware Workstation Pro 17.0是一款专业功能最强大的虚拟机软件，用户可以在虚拟机同时运行各种操作系统，进行开发、测试、演示和部署软件，虚拟机中复制服务器、台式机和平板环境，每个虚拟机可分配多个处理器核心、主内存和显存。VMware Workstation Pro 版延续了VMware的传统，即提供专业技术人员每天在使用虚拟机时所依赖的领先功能和性能。借助对最新版本的Windows和客户机操作系统版本、最新的处理器和硬件的支持以及连接到VMware vSphere和vCloud Air的能力，让它成为提高工作效率、节省时间和征服云计算的完美工具。
具体安装方式微信公众号都有，不再赘述。
需要提醒的一点：可以把内存和磁盘空间（80G）留大一点用于安装系统和软件，以及计算数据保存。另外注意版本和操作系统版本是否对应。

https://www.haah.net/archives/1069.html

无论虚拟机还是服务器，都需要操作系统。Linux操作系统很多，以centos为例：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/145102034

整个过程基本不会出错，按照步骤即可。centos是开源系统，不存在正版盗版的区别。

视频操作。

https://www.bilibili.com/video/BV1tP4y1x7Pz/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=17084cc867ff3bb86398ff1a79b443f2

虚拟机快速安装VMware Tool

https://zhuanlan.zhihu.com/p/279241493#:~

Intel编译器

过程很简单，一路默认。

  1. 从intel官网下载：Intel® oneAPI Base Toolkit和Intel oneAPI HPC Toolkit。
  2. 加权限:

chmod +x l_HPCKit_p_2022.3.0.8751_offline.sh

chmod +x l_BaseKit_p_2022.3.0.8767_offline.sh.

然后运行：sudo ./l_HPCKit_p_2022.3.0.8751_offline.sh 和 sudo ./l_BaseKit_p_2022.3.0.8767_offline.sh. 按照提示一步步的完成即可。

  1. sudo vim ~/.bashrc 中加入 source /opt/intel/oneapi/setvars.sh

  2. 执行which icc; which icpc; which ifort; which mpirun 和echo $MKLROOT 检验是否安装正确。

VASP编译

解压，进入文件夹。选择arch文件下的makefile.inclue.intel 复制到vasp6.3文件夹下，修改为makefile.inclue.

修改makefile.inclue中的内容为：

检验oneMKL with VASP是否连接成功，回到vasp6.3路径下面， ldd bin/vasp_std

vi ~/.bashrc 末尾加上：
export PATH=$PATH:/opt/vasp.6.3.0/bin

source ~/.bashrc

试运行
mpirun -np 4 vasp_std INCAR

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查看cpu核数

cat /proc/cpuinfo| grep “physical id”| sort| uniq| wc -l

cat /proc/cpuinfo| grep “cpu cores”| uniq

cat /proc/cpuinfo | grep ‘process’ | sort | uniq | wc -l

系统处理器基本信息记录在/proc/cpuinfo文件中;sort 可针对文本文件的内容，以行为单位来排序;uniq 命令用于检查及删除文本文件中重复出现的行列，一般与 sort 命令结合使用。wc （word count）命令常用于计算文件的行数、字数和字节数，-l , –lines : 显示行数。

查看内存总大小

cat /proc/meminfo | grep “MemTotal” | awk ‘{print $2/1024/1024}’

awk ‘{print $2/1024/1024}’ 以空格分隔，并将分割后的变量打印出来，因为文件里面是KB，转成GB，除两次1024，最后就是内存的大小。

查看硬盘大小

两种方法

第一种（安全，建议使用），所有的相加。

df -h
第二种，不安全,查看磁盘分区，相加。

fdisk -l

fdisk是磁盘分区命令，而且普通用户没法执行这个命令，如果使用出错，很容易完整删除整个系统，虚拟机玩玩就好了。

求第四列数据的平均值和总和：
grep LOOP+ OUTCAR |awk ‘{sum+=$4} END {print “Average=”,sum/NR}’
grep LOOP+ OUTCAR |awk ‘{sum+=$4} END {print “Sum=”,sum}’

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常用计算相关数据库

结构查找

  1. The Materials Project https://www.materialsproject.org/
  2. ICSD the Inorganic Crystal Structure Database 无机晶体数据库 http://www2.fiz-karlsruhe.de/icsd_home.html , 需要账号密码
  3. CCDC – The Cambridge Crystallographic Data Centre 剑桥晶体数据库。https://www.ccdc.cam.ac.uk/
  4. COD – 开放晶体结构数据库（Crystallography Open Database）。http://www.crystallography.net/cod/
  5. AMCSD – American Mineralogist Crystal Structure Database。http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php
  6. AFLOW：http://www.aflowlib.org/
  7. springer material : https://materials.springer.com/periodictable#
  8. 拓扑材料：（该部分内容参考：http://blog.sciencenet.cn/blog-1502061-1130705.html ）
    Materiae ：http://materiae.iphy.ac.cn/#/
    Topological Materials Arsenal：
    https://ccmp.nju.edu.cn/
    Topological Materials Database:
    http://topologicalquantumchemistry.org/#/
  9. 二维材料：
    Materials Cloud：
    https://www.materialscloud.org/discover/2dstructures/dashboard/ptable
    2D Materials：https://materialsweb.org/twodmaterials
    C2DB: https://cmr.fysik.dtu.dk/c2db/c2db.html
  10. 超导材料：
    第I类超导体：http://www.superconductors.org/Type1.htm
    第II类超导体：http://www.superconductors.org/Type2.htm
  11. 磁结构数据库：MAGNDATA:
    http://webbdcrista1.ehu.es/magndata/index.php?show_db=1
  12. ChemSpider :http://www.chemspider.com/ RSC旗下的一个数据库

物理性质

  1. NIST 数据库 ： https://physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html

  2. CRC Handbook of physical chemistry查找热力学参数，晶格常数，entropy等等。
    http://hbcponline.com/faces/contents/ContentsSearch.xhtml

  3. http://www2.ucdsb.on.ca/tiss/stretton/database/inorganic_thermo.htm 无机化合物的物理和热力学相关数据

  4. http://www.knowledgedoor.com/2/elements_handbook/cohesive_energy.html 结合能

  5. http://www.surface-tension.de/ 表面张力

  6. http://www.wiredchemist.com/chemistry/data/thermodynamic-data

  7. https://atct.anl.gov/

  8. 物理常数
    https://physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html
    http://wild.life.nctu.edu.tw/class/common/energy-unit-conv-table.html
    http://halas.rice.edu/conversions

  9. 空间群对称性和其布里渊区的信息：
    http://cryst.ehu.es/
    http://www.cryst.ehu.es/cryst/get_kvec.html

软件官网

  1. VASP官网 http://www.vasp.at/

  2. VASP 教程视频 http://www.nersc.gov/users/training/events/3-day-vasp-workshop/

  3. VASP官方论坛 https://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/ 需要注册才可以提问

  4. Henkelman 课题组 http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/

  5. ASE： Atomic Simulation Environment： https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/

  6. Pymatgen： http://pymatgen.org/, 适合材料计算的

  7. K-path ： https://www.materialscloud.org/work/tools/seekpath

  8. Chemml: https://hachmannlab.github.io/chemml/

  9. p4vasp：http://www.p4vasp.at/

  10. RDkit：https://www.rdkit.org/

  11. vaspkit ： https://sourceforge.net/projects/vaspkit/files/ VASP计算前后处理。

  12. VESTA ： http://jp-minerals.org/vesta/en/ 日本开发的可视化建模软件

  13. Xcrysden ：http://www.xcrysden.org/， 用于批量做图，选择K-path做能带图，等。

  14. Jmol: (sourceforge.net)

  15. phonopy：https://atztogo.github.io/phonopy/

  16. Lobster：http://schmeling.ac.rwth-aachen.de/cohp/index.php?menuID=6

  17. Wannier90：http://www.wannier.org/

免费的学习网站和论坛

  1. 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)

  2. 计算化学公社 - 高水平计算化学、理论化学交流论坛 (keinsci.com)

  3. Learn VASP The Hard Way (bigbrosci.com)大师兄科研网

  4. 世事如棋 (https://blog.shishiruqi.com/)

  5. Physics (yh-phys.github.io)

  6. https://www.guanjihuan.com/

  7. 学术之友知乎 https://zhuanlan.zhihu.com/gangtangdft

  8. 一个人就是一个叠加态（Li pai）：http://blog.sina.com.cn/lipai91

  9. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1502061

  10. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=2909108

  11. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=548663

  12. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3352196

  13. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3102863

  14. http://blog.sciencenet.cn/u/zhangfrank

  15. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1524047

  16. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3222255

  17. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3388193

  18. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=478347

  19. 叶小球：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=567091

  20. Nan Xu github：https://github.com/tamaswells

  21. QijingZheng github：https://github.com/QijingZheng

  22. Chenists github：https://github.com/Chenists/VASP

  23. ChengCheng Xiao：https://github.com/Chengcheng-Xiao?tab=repositories

  24. ShaoZhengjiang github：https://github.com/PytLab

公众号

B站up

程序检索（更新至2024/07/21）

1、Sym4state.jl 程序：磁性材料的高效计算包
文章题目：

MagneticTB: A package for tight-binding model of magnetic and non-magnetic materials

文章链接：

https://doi.org/10.1016/j.cpc.2024.109283

附件下载：

https://github .com /A -LOST -WAPITI /Sym4state .jl

2、Crystal Toolkit

该项目由Materials Project (https://materialsproject.org/) 员工Matthew Horton主导开发，具有很多很方便的功能，比如可视化晶体结构、原胞和单胞之间的转换、切一个slab、构建晶界、猜测元素氧化态、替换和取代、分析局域配位环境、生成XRD图谱、计算的能带结构和态密度、相图等等。这些功能中有些甚至可以替代Materials Studio对应的功能(可视化晶体结构、单胞和原胞转换、构建slab、计算XRD图谱等)，也有一些特色的功能(分析局域配位环境等)。

Crystal Toolkit主页

https://crystaltoolkit.org/

Crystal Toolkit GitHub主页

https://github.com/materialsproject/crystaltoolkit

3、吸附位点扫描

算吸附能时一般只需要算分子在高对称点的吸附能，比如算Li在铜表面的吸附能，我们只需算Li在Cu(111）面的Top，HCP，FCC和Bridge位的吸附能即可。但是这些离散的点没法帮你构建一个“势能面”，也就是无法得到吸附能在表面究竟是怎么分布的. 下面的文献里DOI：10.1063/1.4901055有一张图非常生动，讲的分别是Li在Li(001)以及Mg在Mg(0001)表面的吸附势能分布，我们不仅可以知道哪些位置有利于吸附，还可以根据吸附能分布，描绘出分子在表面的扩散路径，这有助于我们使用NEB方法算扩散能垒。

其实思路很简单，就是将表面网格化，算分子在格点的吸附能，再画出等高线图。但是大部分吸附位点其实是不稳定的，所以我们采取固定吸附分子x,y方向，在z方向弛豫以达到吸附平衡的策略。

其实手动撒点，再采集数据也是可行的，但是会比较麻烦，因此作者根据实际需要开发了一款脚本scan_adsorption_energy用于自动完成这个过程。脚本使用Python编写，需要numpy和matplotlib第三方库。 我们首先算好一个吸附例子得到CONTCAR,这个可以让我们得到吸附分子的元素信息和理想的吸附高度。如下图，吸附的Li是第97号，也是最后一个原子，接着就可以变换这个结构得到不同的吸附结构。

脚本可以在我的Github仓库下载(https://github.com/tamaswells/VASP_script/blob/master/scan_adsorption_energy.py).

4、nMoldyn-3

We present a new implementation of the program nMoldyn, which has been developed for the computation and decomposition of neutron scattering intensities from Molecular Dynamics trajectories
./nMOLDYNStart.py

https://github.com/khinsen/nMOLDYN3/

  1. Modemap

https://github.com/JMSkelton/ModeMap/tree/master

典型的用法包括三到四个步骤，实施一系列短程序：

  • 准备一系列结构，这些结构沿着一个（1D映射）或两个（2D映射）声子模式，在一系列的幅度上“冻结”（ModeMap.py）。

  • 在这些结构上运行单点能量计算，并提取总能量。提供了一个适用于维也纳第一性原理模拟软件包（VASP）代码的基本脚本（ExtractTotalEnergies.py）。

  • 对计算结果进行后处理，以生成势能表面图（ModeMap_PostProcess.py）。

  • 如果需要，可以将计算出的势能表面拟合成多项式函数，以便进一步分析（ModeMap_PolynomialFit.py）。

  • 再次，如果需要，通过使用拟合的势能面作为输入，进行进一步的后处理，使用1D薛定谔求解器。由J. Buckeridge（UCL）编写的Fortran代码在1DSchrodingerSolver中提供。该代码使用傅里叶方法获得非简谐势中的特征值和特征向量，并确定一个有效的重正化（简谐）频率，以再现其在给定温度下对热力学分区函数的贡献。由J. M. Frost编写的TISH代码可以与多项式拟合一起工作，用于研究带隙变形势能。

限制条件

  1. Twister

https://github.com/qtm-iisc/Twister/blob/main/README.md

TWISTER 是一个 Python 包，它帮助你在引入扭曲的二维材料之间找到和构造相称的莫尔超晶格。

TWISTER 还可以通过 LAMMPS 接口研究使用经典力场的莫尔超晶格的结构重构。请查看 FFRelaxation/ 以获取示例。

  • 转角双层磷烯。

从包含输入文件 get_ang.inp 的目录中，在终端运行以下命令：
python path_to_Get_Ang/SRC/get_ang.py

输入文件的文档可以在 Documentation/ 文件夹中找到。

为了找到适当的扭转角，运行 get_ang.inp 以获取一系列扭转角。

  1. 如果生成了输出文件，它们将具有没有不匹配的适当扭转角。

  2. 会生成一个 twist.inp 文件，包含新的晶格向量和最小变形及最小超晶格面积的扭转角。运行 twister.py 获取超晶格中的原子位置。

每个角度对应的输出文件将以 “Angle_%angle%” 的形式写入 solutions/ 文件夹中。
输出的文档可以在 Documentation/ 文件夹中找到。

为了可视化生成的结构，我们提供一个工具 tovasp.py，它读取 twist.inp 和 superlattice.dat 以生成 POSCAR.vasp。可以直接在 VESTA （http://jp-minerals.org/vesta）中进行可视化。
python path_to_Twister/SRC/tovasp.py

  1. Phasego

附件下载：http://dx.doi.org/10.17632/xp7gvmrxrg.1http://cpc.cs.qub.ac.uk/summaries/AEVQ_v2_0.html

“Phasego 包从第一性原理计算获得的声子态密度中提取亥姆霍兹自由能。在状态方程拟合的帮助下，它在固定温度/压力下降低了作为压力/温度函数的吉布斯自由能。基于准谐波近似（QHA），它计算所有感兴趣结构之间可能的相边界，最后自动绘制相图。对于单相分析，Phasego 可以从数值上推导出许多属性，例如热膨胀系数、体积模量、热容、热压、Hugoniot 压力-体积-温度关系、Gruneisen 参数和 Debye 温度。为了检验它的相变分析能力，我在这里举两个例子：半导体GaN和金属Fe。对于 GaN，Phasego 自动确定并绘制了所提供的闪锌矿 (ZB)、纤锌矿 (WZ) 和岩盐 (RS) 结构之间的相边界。在 Fe 的情况下，结果表明，在高温下，电子热激发自由能校正显着改变了体心立方 (bcc)、面心立方 (fcc) 和六方密堆积 (hcp) 之间的相界结构

发表于 更新于
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一级标题

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RUNOOB.COM
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[^要注明的文本]

任务列表:

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  • 已经完成的事 2
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引用文本:

引用别人说的话
就这样写
By. OrangeX4

这是 行内代码 语法.

代码块语法:

‘’’ python
print(“Hello, World!”)
‘’’

注意要将 ‘ 替换成 `.

代码行数的显示:

{.line-numbers}
1
2
3
function add(x, y) {  
    return x + y
}

注意要将 ‘ 替换成 `.

上标 $x^2 + y^{12} = 1$

上标 $x_1 + y_{12} = 1$

xsr => x^{2}

xtp => x^{…}

x1 => x_1

xii => x_i

xsb => x_{…}

较小的行内行分数 $\frac{1}{2}$

展示型的分式 $\displaystyle\frac{x+1}{x-1}$

开平方 $\sqrt{2}$

开 $n$ 次方 $\sqrt[n]{2}$

紧贴 $a!b$

没有空格 $ab$

小空格 $a,b$

中等空格 $a;b$

大空格 $a\ b$

quad 空格 $a\quad b$

两个 quad 空格 $a\qquad b$

累加 $\sum_{k=1}^n\frac{1}{k} \quad \displaystyle\sum_{k=1}^n\frac{1}{k}$

累乘 $\prod_{k=1}^n\frac{1}{k} \quad \displaystyle\prod_{k=1}^n\frac{1}{k}$

积分 $\displaystyle \int_0^1x{\rm d}x \quad \iint_{D_{xy}} \quad \iiint_{\Omega_{xyz}}$

圆括号 $\displaystyle \left(\sum_{k=1}^{n}\frac{1}{k} \right)^2$

方括号 $\displaystyle \left[\sum_{k=1}^{n}\frac{1}{k} \right]^2$

花括号 $\displaystyle \left{\sum_{k=1}^{n}\frac{1}{k} \right}^2$

尖括号 $\displaystyle \left\langle\sum_{k=1}^{n}\frac{1}{k} \right\rangle^2$

居中:

$$
\begin{aligned}
y &=(x+5)^2-(x+1)^2 \
&=(x^2+10x+25)-(x^2+2x+1) \
&=8x+24 \
\end{aligned}
$$

左对齐:

$
\begin{aligned}
y &=(x+5)^2-(x+1)^2 \
&=(x^2+10x+25)-(x^2+2x+1) \
&=8x+24 \
\end{aligned}
$

$$
\begin{cases}
k_{11}x_1+k_{12}x_2+\cdots+k_{1n}x_n=b_1 \
k_{21}x_1+k_{22}x_2+\cdots+k_{2n}x_n=b_2 \
\cdots \
k_{n1}x_1+k_{n2}x_2+\cdots+k_{nn}x_n=b_n \
\end{cases}
$$

矩阵:

$$
\begin{pmatrix}
1 & 1 & \cdots & 1 \
1 & 1 & \cdots & 1 \
\vdots & \vdots & \ddots & \vdots \
1 & 1 & \cdots & 1 \
\end{pmatrix}

\quad

\begin{bmatrix}
1 & 1 & \cdots & 1 \
1 & 1 & \cdots & 1 \
\vdots & \vdots & \ddots & \vdots \
1 & 1 & \cdots & 1 \
\end{bmatrix}
$$

行列式:

$$
\begin{vmatrix}
1 & 1 & \cdots & 1 \
1 & 1 & \cdots & 1 \
\vdots & \vdots & \ddots & \vdots \
1 & 1 & \cdots & 1 \
\end{vmatrix}
$$

$$
x+2 \tag{1.2}
$$

$$
\begin{equation}
x^n+y^n=z^n
\end{equation}
$$

由公式 $(1.2)$ 可得到结论

点乘 $\cdot$, 叉乘 $\times$, 异或 $\otimes$, 直和 $\oplus$, 加减 $\pm$, 复合 $\circ$.
小于等于 $\leq$, 大于等于 $\geq$, 不等 $\neq$, 恒等 $\equiv$, 约等 $\approx$, 等价 $\cong$, 相似 $\sim$, 相似等于 $\simeq$, 点等 $\doteq$.
逻辑与 $\land$, 逻辑或 $\lor$, 逻辑非 $\lnot$, 蕴涵 $\to$, 等价 $\leftrightarrow$.
因为 $\because$, 所以 $\therefore$, 存在 $\exist$, 任意 $\forall$.
左小箭头 $\leftarrow$, 右小箭头 $\rightarrow$, 左大箭头 $\Leftarrow$, 右大箭头 $\Rightarrow$, 右长箭头 $\xrightarrow[fgh]{abcde}$.
属于 $\in$, 包含于 $\subset$, 真包含于 $\subseteq$, 交 $\cap$, 并 $\cup$, 空集 $\empty$
短向量 $\vec{x}$, 长向量 $\overrightarrow{AB}$, 上横线 $\overline{p}$.
无限 $\infty$, 极限 $\lim$, 微分 ${\rm d}$, 偏导 $\partial$, 点求导 $\dot{y}$, 点二阶导 $\ddot{y}$, 变化量 $\Delta$, 梯度 $\nabla$.
横省略 $\cdots$, 竖省略 $\vdots$, 斜省略 $\ddots$.
常见函数 $\sin$, $\cos$, $\tan$, $\arcsin$, $\arccos$, $\arctan$, $\ln$, $\log$, $\exp$.

$\Alpha$

$\alpha$

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  • 第一项
  • 第二项
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    • 第二项嵌套的第二个元素
  • 链接使用方法如下：

这是一个链接 菜鸟教程

https://www.runoob.com

  • 高级链接
    我们可以通过变量来设置一个链接，变量赋值在文档末尾进行

这个链接用 1 作为网址变量 Google
这个链接用 runoob 作为网址变量 Runoob
然后在文档的结尾为变量赋值（网址）

  • Markdown 图片语法格式如下：

RUNOOB 图标

RUNOOB 图标

当然，你也可以像网址那样对图片网址使用变量:

这个链接用 1 作为网址变量 RUNOOB.
然后在文档的结尾为变量赋值（网址）

Markdown 制作表格使用 | 来分隔不同的单元格，使用 - 来分隔表头和其他行。
语法格式如下：

表头 表头
单元格 单元格
单元格 单元格
左对齐 右对齐 居中对齐
单元格 单元格 单元格
单元格 单元格 单元格
左对齐 右对齐 居中对齐
单元格 单元格 单元格
单元格 单元格 单元格
左对齐 右对齐 居中对齐
单元
格
 单元
格
 单元
格
单元
格
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 单元
格

不在 Markdown 涵盖范围之内的标签，都可以直接在文档里面用 HTML 撰写。目前支持的 HTML 元素有：<kbd> <b> <i> <em> <sup> <sub> <br> 等 ， 如

使用 Ctrl+Alt+Del 重启电脑

Markdown 使用了很多特殊符号来表示特定的意义，如果需要显示特定的符号则需要使用转义字符，Markdown 使用反斜杠转义特殊字符：

文本加粗

** 正常显示星号 **

Markdown 支持以下这些符号前面加上反斜杠来帮助插入普通的符号：\ 反斜线
` 反引号
* 星号
_ 下划线
{} 花括号
[] 方括号
() 小括号
# 井字号
+ 加号
- 减号
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KaTeX 拥有比 MathJax 更快的性能，但是它却少了很多 MathJax 拥有的特性。你可以查看 KaTeX supported functions/symbols 来了解 KaTeX 支持那些符号和函数。

默认下的分隔符：

$…$ 或者 (…) 中的数学表达式将会在行内显示。
$$…$$ 或者 […] 或者 ```math 中的数学表达式将会在块内显示。

$$
\begin{Bmatrix}
a & b \
c & d
\end{Bmatrix}
$$
$$
\begin{CD}
A @>a>> B \
@VbVV @AAcA \
C @= D
\end{CD}
$$

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
%% 时序图例子,-> 直线，-->虚线，->>实线箭头
  sequenceDiagram
    participant 张三
    participant 李四
    张三->王五: 王五你好吗？
    loop 健康检查
        王五->王五: 与疾病战斗
    end
    Note right of 王五: 合理 食物 <br/>看医生...
    李四-->>张三: 很好!
    王五->李四: 你怎么样?
    李四-->王五: 很好!
0%