0.5 声子软件安装
Anaconda安装
Anaconda-Linux版本安装包 【包含了phonopy安装所需的依赖包】
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
https://www.anaconda.com/download/将下载的准备文件上传到Linux系统
cd 到Anaconda文件的目录下,赋予权限,运行下列命令
sh [Anaconda文件名]
例如:
sh Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh没什么特殊要求的话,之后一路回车即可安装成功。
输入conda list 如果显示已安装的包名和版本号便已安装成功。
修改配置:
输入vi ~/.bashrc (配置python环境)
在配置文件末尾中加入下列语句(引号内的路径更换为自己的相对应路径即可)
export PATH=”/路径/anaconda3/bin:$PATH”添加后保存退出,运行 source ~/.bashrc 使配置生效
命令终端输入 python 如果出现python版本号则配置成功,输入 exit() 即可退出python命令模式。
adaconda使用介绍:
1 管理conda
(1) 检查conda
conda –version Conda会返回你安装Anaconda软件的版本。
(2) 升级conda
conda update conda Conda会检查可升级版本,并同时显示可升级的包。
2 管理运行环境
(1) 创建新运行环境
conda create –name snowflakes biopython 创建名为snowflakes的新运行环境,其中包含包biopython
(2) 激活新运行环境
Windows: activate snowflakes
Linux and macOS: source activate snowflakes
(3) 查看所有运行环境
conda info –envs 查看所有运行环境
base /home/username/Anaconda3
snowflakes * /home/username/Anaconda3/envs/snowflakes
当前激活的运行环境有且只有一个,且前面有星号(*)
(4) 查看当前运行环境
conda info -envis
当前运行环境会显示在括号中:(snowflakes)
(5) 修改当前运行环境为非激活状态
Windows: deactivate
Linux and macOS: source deactivate
(6) 复制运行环境
conda create -n flowers –clone snowflakes
(7)删除运行环境
conda remove -n flowers –all
删除运行环境之后可以通过命令查看运行环境是否删除: conda info -e
3 管理Python
(1) 创建包含Python运行的新运行环境
conda create –name snakes python=3.5 创建名为snakes并包含Python3.5的新运行环境
(2) 激活新运行环境
Windows: activate snakes
Linux and macOS: source activate snakes
(3) 查看所有运行环境
conda info –envs 查看所有运行环境
base /home/username/Anaconda3
snakes * /home/username/anaconda3/envs/snakes
snowflakes /home/username/Anaconda3/envs/snowflakes
当前激活的运行环境有且只有一个,且前面有星号(*)
(4) 查看当前运行环境
conda info -envis 或者 conda info -e
当前运行环境会显示在括号中:(snakes)
(5) 查看Python版本
pyhton –version
(6) 修改当前运行环境为非激活状态
Windows: deactivate
Linux and macOS: source deactivate
4 管理包
(1) 查看已安装包
conda list
(2) 安装指定包到当前运行环境
conda install beautifulsoup4
(3) 查找可安装包
conda search beautifulsoup4
(4) 移除包
conda remove -n beautifulsoup4 –all
作者:ZHOUZAIHUI
链接:https://www.jianshu.com/p/6e4c045a12a1
Phonopy安装
下载phonopy:https://pypi.org/project/phonopy/#files
上传解压:tar -xzvf phonopy-2.17.0.tar.gz //解压phonopy文件
cd phonopy-2.17.0
python setup.py install 安装phonopy
安装完成后在命令端输入: phonopy 如果出现如下图案则安装成功Installed /home/hptem001/intel/oneapi/intelpython/python3.7/lib/python3.7/site-packages/phonopy-2.21.0-py3.7-linux-x86_64.egg
Processing dependencies for phonopy==2.21.0
Searching for spglib>=2.0
Reading https://pypi.org/simple/spglib/
出现报错:查看phonopy2.21说明依赖要求
- python>=3.8
- numpy>=1.17.0
- PyYAML>=5.3
- matplotlib>=2.2.2
- h5py>=3.0
- spglib>=2.0
- scipy (optional)
- seekpath (optional)
需要h5py>=3.0 、spglib>=2.0,
在这里对于类似安装都有三种:
可以联网:pip install spglib或者spglib-2.2.0
不能联网已安装python:
下载:https://pypi.org/project/spglib/#modal-close 二进制文件,由于python3.7,所以选择CP37。
pip install spglib-2.2.0-cp37-cp37m-manylinux_2_17_x86_64.whl不能联网已安装python:
下载压缩包解压,同样安装python setup.py install。我在安装h5py老是报错,
安装cached-property。
https://pypi.org/project/cached-property/1.5.2/#files
再安装h5py即可。
thirdorder安装
- 下载:https://drive.google.com/file/d/1N7bwTFwsP75Dw4FH0O-2DEodE7TVw2ub/view
- 解压完之后进入文件夹修改setup.py文件
主要给出spglib的INCLUDE_DIRS和LIBRARY_DIRS即include和lib64文件夹的路径. - 修改完成后运行python setup.py install
ShengBTE安装
下载:https://drive.google.com/file/d/1Kur3BviQjEby34j0yxbkMF45ADJf2U0J/view
解压完进入文件夹cp arch.make.example arch.make
修改前:
修改后:在Src文件夹内执行命令make
测试:mpirun -np 16 ShengBTE 2>BTE.err >BTE.out
添加环境变量:
vim ~/.bashrc
#加入如下命令
export PATH=/$dir/src:$PATH #$dir:ShengBTE文件夹路径
#保存退出
source ~/.bashrc