Lightchaser

三人行,必有我师

查看cpu核数

cat /proc/cpuinfo| grep “physical id”| sort| uniq| wc -l

cat /proc/cpuinfo| grep “cpu cores”| uniq

cat /proc/cpuinfo | grep ‘process’ | sort | uniq | wc -l

系统处理器基本信息记录在/proc/cpuinfo文件中;sort 可针对文本文件的内容,以行为单位来排序;uniq 命令用于检查及删除文本文件中重复出现的行列,一般与 sort 命令结合使用。wc (word count)命令常用于计算文件的行数、字数和字节数,-l , –lines : 显示行数。

查看内存总大小

cat /proc/meminfo | grep “MemTotal” | awk ‘{print $2/1024/1024}’

awk ‘{print $2/1024/1024}’ 以空格分隔,并将分割后的变量打印出来,因为文件里面是KB,转成GB,除两次1024,最后就是内存的大小。

查看硬盘大小

两种方法

第一种(安全,建议使用),所有的相加。

df -h
第二种,不安全,查看磁盘分区,相加。

fdisk -l

fdisk是磁盘分区命令,而且普通用户没法执行这个命令,如果使用出错,很容易完整删除整个系统,虚拟机玩玩就好了。

求第四列数据的平均值和总和:
grep LOOP+ OUTCAR |awk ‘{sum+=$4} END {print “Average=”,sum/NR}’
grep LOOP+ OUTCAR |awk ‘{sum+=$4} END {print “Sum=”,sum}’

常用计算相关数据库

结构查找

  1. The Materials Project https://www.materialsproject.org/
  2. ICSD the Inorganic Crystal Structure Database 无机晶体数据库 http://www2.fiz-karlsruhe.de/icsd_home.html , 需要账号密码
  3. CCDC – The Cambridge Crystallographic Data Centre 剑桥晶体数据库。https://www.ccdc.cam.ac.uk/
  4. COD – 开放晶体结构数据库(Crystallography Open Database)。http://www.crystallography.net/cod/
  5. AMCSD – American Mineralogist Crystal Structure Database。http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php
  6. AFLOW:http://www.aflowlib.org/
  7. springer material : https://materials.springer.com/periodictable#
  8. 拓扑材料:(该部分内容参考:http://blog.sciencenet.cn/blog-1502061-1130705.html
    Materiae :http://materiae.iphy.ac.cn/#/
    Topological Materials Arsenal:
    https://ccmp.nju.edu.cn/
    Topological Materials Database:
    http://topologicalquantumchemistry.org/#/
  9. 二维材料:
    Materials Cloud:
    https://www.materialscloud.org/discover/2dstructures/dashboard/ptable
    2D Materials:https://materialsweb.org/twodmaterials
    C2DB: https://cmr.fysik.dtu.dk/c2db/c2db.html
  10. 超导材料:
    第I类超导体:http://www.superconductors.org/Type1.htm
    第II类超导体:http://www.superconductors.org/Type2.htm
  11. 磁结构数据库:MAGNDATA:
    http://webbdcrista1.ehu.es/magndata/index.php?show_db=1
  12. ChemSpider :http://www.chemspider.com/ RSC旗下的一个数据库

物理性质

  1. NIST 数据库https://physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html

  2. CRC Handbook of physical chemistry查找热力学参数,晶格常数,entropy等等。
    http://hbcponline.com/faces/contents/ContentsSearch.xhtml

  3. http://www2.ucdsb.on.ca/tiss/stretton/database/inorganic_thermo.htm 无机化合物的物理和热力学相关数据

  4. http://www.knowledgedoor.com/2/elements_handbook/cohesive_energy.html 结合能

  5. http://www.surface-tension.de/ 表面张力

  6. http://www.wiredchemist.com/chemistry/data/thermodynamic-data

  7. https://atct.anl.gov/

  8. 物理常数
    https://physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html
    http://wild.life.nctu.edu.tw/class/common/energy-unit-conv-table.html
    http://halas.rice.edu/conversions

  9. 空间群对称性和其布里渊区的信息:
    http://cryst.ehu.es/
    http://www.cryst.ehu.es/cryst/get_kvec.html

软件官网

  1. VASP官网 http://www.vasp.at/

  2. VASP 教程视频 http://www.nersc.gov/users/training/events/3-day-vasp-workshop/

  3. VASP官方论坛 https://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/ 需要注册才可以提问

  4. Henkelman 课题组 http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/

  5. ASE: Atomic Simulation Environment: https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/

  6. Pymatgen: http://pymatgen.org/, 适合材料计算的

  7. K-pathhttps://www.materialscloud.org/work/tools/seekpath

  8. Chemml: https://hachmannlab.github.io/chemml/

  9. p4vasp:http://www.p4vasp.at/

  10. RDkit:https://www.rdkit.org/

  11. vaspkithttps://sourceforge.net/projects/vaspkit/files/ VASP计算前后处理。

  12. VESTA : http://jp-minerals.org/vesta/en/ 日本开发的可视化建模软件

  13. Xcrysden :http://www.xcrysden.org/, 用于批量做图,选择K-path做能带图,等。

  14. Jmol: (sourceforge.net)

  15. phonopy:https://atztogo.github.io/phonopy/

  16. Lobster:http://schmeling.ac.rwth-aachen.de/cohp/index.php?menuID=6

  17. Wannier90:http://www.wannier.org/

免费的学习网站和论坛

  1. 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)

  2. 计算化学公社 - 高水平计算化学、理论化学交流论坛 (keinsci.com)

  3. Learn VASP The Hard Way (bigbrosci.com)大师兄科研网

  4. 世事如棋 (https://blog.shishiruqi.com/)

  5. Physics (yh-phys.github.io)

  6. https://www.guanjihuan.com/

  7. 学术之友知乎 https://zhuanlan.zhihu.com/gangtangdft

  8. 一个人就是一个叠加态(Li pai):http://blog.sina.com.cn/lipai91

  9. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1502061

  10. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=2909108

  11. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=548663

  12. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3352196

  13. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3102863

  14. http://blog.sciencenet.cn/u/zhangfrank

  15. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1524047

  16. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3222255

  17. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3388193

  18. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=478347

  19. 叶小球:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=567091

  20. Nan Xu github:https://github.com/tamaswells

  21. QijingZheng github:https://github.com/QijingZheng

  22. Chenists github:https://github.com/Chenists/VASP

  23. ChengCheng Xiao:https://github.com/Chengcheng-Xiao?tab=repositories

  24. ShaoZhengjiang github:https://github.com/PytLab

公众号

B站up

程序检索(更新至2024/07/21)

1、Sym4state.jl 程序:磁性材料的高效计算包
文章题目:

MagneticTB: A package for tight-binding model of magnetic and non-magnetic materials

文章链接:

https://doi.org/10.1016/j.cpc.2024.109283

附件下载:

https://github .com /A -LOST -WAPITI /Sym4state .jl

2、Crystal Toolkit

该项目由Materials Project (https://materialsproject.org/) 员工Matthew Horton主导开发,具有很多很方便的功能,比如可视化晶体结构、原胞和单胞之间的转换、切一个slab、构建晶界、猜测元素氧化态、替换和取代、分析局域配位环境、生成XRD图谱、计算的能带结构和态密度、相图等等。这些功能中有些甚至可以替代Materials Studio对应的功能(可视化晶体结构、单胞和原胞转换、构建slab、计算XRD图谱等),也有一些特色的功能(分析局域配位环境等)。

Crystal Toolkit主页

https://crystaltoolkit.org/

Crystal Toolkit GitHub主页

https://github.com/materialsproject/crystaltoolkit

3、吸附位点扫描

算吸附能时一般只需要算分子在高对称点的吸附能,比如算Li在铜表面的吸附能,我们只需算Li在Cu(111)面的Top,HCP,FCC和Bridge位的吸附能即可。但是这些离散的点没法帮你构建一个“势能面”,也就是无法得到吸附能在表面究竟是怎么分布的. 下面的文献里DOI:10.1063/1.4901055有一张图非常生动,讲的分别是Li在Li(001)以及Mg在Mg(0001)表面的吸附势能分布,我们不仅可以知道哪些位置有利于吸附,还可以根据吸附能分布,描绘出分子在表面的扩散路径,这有助于我们使用NEB方法算扩散能垒。

其实思路很简单,就是将表面网格化,算分子在格点的吸附能,再画出等高线图。但是大部分吸附位点其实是不稳定的,所以我们采取固定吸附分子x,y方向,在z方向弛豫以达到吸附平衡的策略。

其实手动撒点,再采集数据也是可行的,但是会比较麻烦,因此作者根据实际需要开发了一款脚本scan_adsorption_energy用于自动完成这个过程。脚本使用Python编写,需要numpy和matplotlib第三方库。 我们首先算好一个吸附例子得到CONTCAR,这个可以让我们得到吸附分子的元素信息和理想的吸附高度。如下图,吸附的Li是第97号,也是最后一个原子,接着就可以变换这个结构得到不同的吸附结构。

脚本可以在我的Github仓库下载(https://github.com/tamaswells/VASP_script/blob/master/scan_adsorption_energy.py).

4、nMoldyn-3

We present a new implementation of the program nMoldyn, which has been developed for the computation and decomposition of neutron scattering intensities from Molecular Dynamics trajectories
./nMOLDYNStart.py

https://github.com/khinsen/nMOLDYN3/

  1. Modemap

https://github.com/JMSkelton/ModeMap/tree/master

典型的用法包括三到四个步骤,实施一系列短程序:

  • 准备一系列结构,这些结构沿着一个(1D映射)或两个(2D映射)声子模式,在一系列的幅度上“冻结”(ModeMap.py)。

  • 在这些结构上运行单点能量计算,并提取总能量。提供了一个适用于维也纳第一性原理模拟软件包(VASP)代码的基本脚本(ExtractTotalEnergies.py)。

  • 对计算结果进行后处理,以生成势能表面图(ModeMap_PostProcess.py)。

  • 如果需要,可以将计算出的势能表面拟合成多项式函数,以便进一步分析(ModeMap_PolynomialFit.py)。

  • 再次,如果需要,通过使用拟合的势能面作为输入,进行进一步的后处理,使用1D薛定谔求解器。由J. Buckeridge(UCL)编写的Fortran代码在1DSchrodingerSolver中提供。该代码使用傅里叶方法获得非简谐势中的特征值和特征向量,并确定一个有效的重正化(简谐)频率,以再现其在给定温度下对热力学分区函数的贡献。由J. M. Frost编写的TISH代码可以与多项式拟合一起工作,用于研究带隙变形势能。

限制条件

  1. Twister

https://github.com/qtm-iisc/Twister/blob/main/README.md

TWISTER 是一个 Python 包,它帮助你在引入扭曲的二维材料之间找到和构造相称的莫尔超晶格。

TWISTER 还可以通过 LAMMPS 接口研究使用经典力场的莫尔超晶格的结构重构。请查看 FFRelaxation/ 以获取示例。

  • 转角双层磷烯。

从包含输入文件 get_ang.inp 的目录中,在终端运行以下命令:
python path_to_Get_Ang/SRC/get_ang.py

输入文件的文档可以在 Documentation/ 文件夹中找到。

为了找到适当的扭转角,运行 get_ang.inp 以获取一系列扭转角。

  1. 如果生成了输出文件,它们将具有没有不匹配的适当扭转角。

  2. 会生成一个 twist.inp 文件,包含新的晶格向量和最小变形及最小超晶格面积的扭转角。运行 twister.py 获取超晶格中的原子位置。

每个角度对应的输出文件将以 “Angle_%angle%” 的形式写入 solutions/ 文件夹中。
输出的文档可以在 Documentation/ 文件夹中找到。

为了可视化生成的结构,我们提供一个工具 tovasp.py,它读取 twist.inp 和 superlattice.dat 以生成 POSCAR.vasp。可以直接在 VESTA (http://jp-minerals.org/vesta)中进行可视化。
python path_to_Twister/SRC/tovasp.py

  1. Phasego

附件下载:http://dx.doi.org/10.17632/xp7gvmrxrg.1http://cpc.cs.qub.ac.uk/summaries/AEVQ_v2_0.html

“Phasego 包从第一性原理计算获得的声子态密度中提取亥姆霍兹自由能。在状态方程拟合的帮助下,它在固定温度/压力下降低了作为压力/温度函数的吉布斯自由能。基于准谐波近似(QHA),它计算所有感兴趣结构之间可能的相边界,最后自动绘制相图。对于单相分析,Phasego 可以从数值上推导出许多属性,例如热膨胀系数、体积模量、热容、热压、Hugoniot 压力-体积-温度关系、Gruneisen 参数和 Debye 温度。为了检验它的相变分析能力,我在这里举两个例子:半导体GaN和金属Fe。对于 GaN,Phasego 自动确定并绘制了所提供的闪锌矿 (ZB)、纤锌矿 (WZ) 和岩盐 (RS) 结构之间的相边界。在 Fe 的情况下,结果表明,在高温下,电子热激发自由能校正显着改变了体心立方 (bcc)、面心立方 (fcc) 和六方密堆积 (hcp) 之间的相界结构

  • 使用 # 号可表示 1-6 级标题,一级标题对应一个 # 号,二级标题对应两个 # 号,以此类推。

一级标题

二级标题

三级标题

四级标题

五级标题
六级标题
  • Markdown 段落没有特殊的格式,直接编写文字就好,段落的换行是使用两个以上空格加上回车。

斜体文本
斜体
粗体文本
粗体文本
粗斜体文本
粗斜体文本

==高亮==






  • 可以在一行中用三个以上的星号、减号、底线来建立一个分隔线,行内不能有其他东西。你也可以在星号或是减号中间插入空格。下面每种写法都可以建立分隔线:
  • 如果段落上的文字要添加删除线,只需要在文字的两端加上两个波浪线 ~~ 即可,实例如下

RUNOOB.COM
GOOGLE.COM
BAIDU.COM

  • 下划线可以通过 HTML 的< u 标签来实现:

带下划线文本

  • 脚注是对文本的补充说明。Markdown 脚注的格式如下:

[^要注明的文本]

任务列表:

  • 已经完成的事 1
  • 已经完成的事 2
  • 已经完成的事 3
  • 仍未完成的事 4
  • 仍未完成的事 5

引用文本:

引用别人说的话
就这样写
By. OrangeX4

这是 行内代码 语法.

代码块语法:

‘’’ python
print(“Hello, World!”)
‘’’

注意要将 ‘ 替换成 `.

代码行数的显示:

{.line-numbers}
1
2
3
function add(x, y) {  
return x + y
}

注意要将 ‘ 替换成 `.

上标 $x^2 + y^{12} = 1$

上标 $x_1 + y_{12} = 1$

xsr => x^{2}

xtp => x^{…}

x1 => x_1

xii => x_i

xsb => x_{…}

较小的行内行分数 $\frac{1}{2}$

展示型的分式 $\displaystyle\frac{x+1}{x-1}$

开平方 $\sqrt{2}$

开 $n$ 次方 $\sqrt[n]{2}$

紧贴 $a!b$

没有空格 $ab$

小空格 $a,b$

中等空格 $a;b$

大空格 $a\ b$

quad 空格 $a\quad b$

两个 quad 空格 $a\qquad b$

累加 $\sum_{k=1}^n\frac{1}{k} \quad \displaystyle\sum_{k=1}^n\frac{1}{k}$

累乘 $\prod_{k=1}^n\frac{1}{k} \quad \displaystyle\prod_{k=1}^n\frac{1}{k}$

积分 $\displaystyle \int_0^1x{\rm d}x \quad \iint_{D_{xy}} \quad \iiint_{\Omega_{xyz}}$

圆括号 $\displaystyle \left(\sum_{k=1}^{n}\frac{1}{k} \right)^2$

方括号 $\displaystyle \left[\sum_{k=1}^{n}\frac{1}{k} \right]^2$

花括号 $\displaystyle \left{\sum_{k=1}^{n}\frac{1}{k} \right}^2$

尖括号 $\displaystyle \left\langle\sum_{k=1}^{n}\frac{1}{k} \right\rangle^2$

居中:

$$
\begin{aligned}
y &=(x+5)^2-(x+1)^2 \
&=(x^2+10x+25)-(x^2+2x+1) \
&=8x+24 \
\end{aligned}
$$

左对齐:

$
\begin{aligned}
y &=(x+5)^2-(x+1)^2 \
&=(x^2+10x+25)-(x^2+2x+1) \
&=8x+24 \
\end{aligned}
$

$$
\begin{cases}
k_{11}x_1+k_{12}x_2+\cdots+k_{1n}x_n=b_1 \
k_{21}x_1+k_{22}x_2+\cdots+k_{2n}x_n=b_2 \
\cdots \
k_{n1}x_1+k_{n2}x_2+\cdots+k_{nn}x_n=b_n \
\end{cases}
$$

矩阵:

$$
\begin{pmatrix}
1 & 1 & \cdots & 1 \
1 & 1 & \cdots & 1 \
\vdots & \vdots & \ddots & \vdots \
1 & 1 & \cdots & 1 \
\end{pmatrix}

\quad

\begin{bmatrix}
1 & 1 & \cdots & 1 \
1 & 1 & \cdots & 1 \
\vdots & \vdots & \ddots & \vdots \
1 & 1 & \cdots & 1 \
\end{bmatrix}
$$

行列式:

$$
\begin{vmatrix}
1 & 1 & \cdots & 1 \
1 & 1 & \cdots & 1 \
\vdots & \vdots & \ddots & \vdots \
1 & 1 & \cdots & 1 \
\end{vmatrix}
$$

$$
x+2 \tag{1.2}
$$

$$
\begin{equation}
x^n+y^n=z^n
\end{equation}
$$

由公式 $(1.2)$ 可得到结论

点乘 $\cdot$, 叉乘 $\times$, 异或 $\otimes$, 直和 $\oplus$, 加减 $\pm$, 复合 $\circ$.
小于等于 $\leq$, 大于等于 $\geq$, 不等 $\neq$, 恒等 $\equiv$, 约等 $\approx$, 等价 $\cong$, 相似 $\sim$, 相似等于 $\simeq$, 点等 $\doteq$.
逻辑与 $\land$, 逻辑或 $\lor$, 逻辑非 $\lnot$, 蕴涵 $\to$, 等价 $\leftrightarrow$.
因为 $\because$, 所以 $\therefore$, 存在 $\exist$, 任意 $\forall$.
左小箭头 $\leftarrow$, 右小箭头 $\rightarrow$, 左大箭头 $\Leftarrow$, 右大箭头 $\Rightarrow$, 右长箭头 $\xrightarrow[fgh]{abcde}$.
属于 $\in$, 包含于 $\subset$, 真包含于 $\subseteq$, 交 $\cap$, 并 $\cup$, 空集 $\empty$
短向量 $\vec{x}$, 长向量 $\overrightarrow{AB}$, 上横线 $\overline{p}$.
无限 $\infty$, 极限 $\lim$, 微分 ${\rm d}$, 偏导 $\partial$, 点求导 $\dot{y}$, 点二阶导 $\ddot{y}$, 变化量 $\Delta$, 梯度 $\nabla$.
横省略 $\cdots$, 竖省略 $\vdots$, 斜省略 $\ddots$.
常见函数 $\sin$, $\cos$, $\tan$, $\arcsin$, $\arccos$, $\arctan$, $\ln$, $\log$, $\exp$.

$\Alpha$

$\alpha$

  • Markdown 支持有序列表和无序列表。
    无序列表使用星号(*)、加号(+)或是减号(-)作为列表标记,这些标记后面要添加一个空格,然后再填写内容:
  • 第一项
  • 第二项
  • 第三项
  • 第一项
  • 第二项
  • 第三项
  • 第一项
  • 第二项
  • 第三项
  • 有序列表使用数字并加上 . 号来表示,如:
  1. 第一项
  2. 第二项
  3. 第三项
  • 列表嵌套只需在子列表中的选项前面添加两个或四个空格即可:
  1. 第一项:
    • 第一项嵌套的第一个元素
    • 第一项嵌套的第二个元素
  2. 第二项:
    • 第二项嵌套的第一个元素
    • 第二项嵌套的第二个元素
  • 链接使用方法如下:

这是一个链接 菜鸟教程

https://www.runoob.com

  • 高级链接
    我们可以通过变量来设置一个链接,变量赋值在文档末尾进行

这个链接用 1 作为网址变量 Google
这个链接用 runoob 作为网址变量 Runoob
然后在文档的结尾为变量赋值(网址)

  • Markdown 图片语法格式如下:

RUNOOB 图标

RUNOOB 图标

当然,你也可以像网址那样对图片网址使用变量:

这个链接用 1 作为网址变量 RUNOOB.
然后在文档的结尾为变量赋值(网址)

Markdown 制作表格使用 | 来分隔不同的单元格,使用 - 来分隔表头和其他行。
语法格式如下:

表头 表头
单元格 单元格
单元格 单元格
左对齐 右对齐 居中对齐
单元格 单元格 单元格
单元格 单元格 单元格
左对齐 右对齐 居中对齐
单元格 单元格 单元格
单元格 单元格 单元格
左对齐 右对齐 居中对齐
单元

单元

单元

单元

单元

单元

不在 Markdown 涵盖范围之内的标签,都可以直接在文档里面用 HTML 撰写。目前支持的 HTML 元素有:<kbd> <b> <i> <em> <sup> <sub> <br> 等 , 如

使用 Ctrl+Alt+Del 重启电脑

Markdown 使用了很多特殊符号来表示特定的意义,如果需要显示特定的符号则需要使用转义字符,Markdown 使用反斜杠转义特殊字符:

文本加粗

** 正常显示星号 **

Markdown 支持以下这些符号前面加上反斜杠来帮助插入普通的符号:\ 反斜线
` 反引号
* 星号
_ 下划线
{} 花括号
[] 方括号
() 小括号
# 井字号
+ 加号
- 减号
. 英文句点
! 感叹号

Markdown Preview Enhanced 使用 KaTeX 或者 MathJax 来渲染数学表达式。

KaTeX 拥有比 MathJax 更快的性能,但是它却少了很多 MathJax 拥有的特性。你可以查看 KaTeX supported functions/symbols 来了解 KaTeX 支持那些符号和函数。

默认下的分隔符:

$…$ 或者 (…) 中的数学表达式将会在行内显示。
$$…$$ 或者 […] 或者 ```math 中的数学表达式将会在块内显示。

$$
\begin{Bmatrix}
a & b \
c & d
\end{Bmatrix}
$$
$$
\begin{CD}
A @>a>> B \
@VbVV @AAcA \
C @= D
\end{CD}
$$

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
%% 时序图例子,-> 直线,-->虚线,->>实线箭头
sequenceDiagram
participant 张三
participant 李四
张三->王五: 王五你好吗?
loop 健康检查
王五->王五: 与疾病战斗
end
Note right of 王五: 合理 食物 <br/>看医生...
李四-->>张三: 很好!
王五->李四: 你怎么样?
李四-->王五: 很好!
0%